Administrando papers con Papers

En el obscuro submundillo de las ciencias, una de las principales tareas de un científico es administrar la gigantesca cantidad de conocimiento proveniente de revistas especializadas (o Journals) lo que se traduce en manejar cientos o miles de PDFs de artículos que pueden (o no) ser de interés en algún momento.

Si bien siempre existe la posibilidad de revisar cada uno de ellos a la hora de necesitar algo, lo más útil (y sabio) es utilizar algún Software de Administración de Referencias. Me soplaron que existía un nuevo miembro en el club: el poco ingeniosamente llamado Papers, por ahora exclusivo para Mac. Procedí a probarlo y aquí les describo mi experiencia.

Veamos el Review de Papers!

Papers viene a ser como un iTunes para PDFs de artículos científicos: es cosa de arrastrar cualquier PDF y el programa lo copiará a su colección, ordenada por autor, año, etc. Una de las principales gracias es que Papers tratará de buscar metadata del pdf en las máquinas de búsquedas que conoce. Especialmente si el artículo incluye un doi en alguna parte del texto, los datos de autor, journal, abstract, fecha de publicación, etc., serán obtenidos automáticamente. En caso de no encontrarse información, uno puede ayudar al programa a identificar el paper (marcando las zonas que corresponden a cada uno de los campos de metadata) o escribiendo manualmente la información, algo que es latero y poco frecuente.

Organizar por tus autores favoritos es muy útil, así como obtener feeds de sus publicaciones más recientes. Pegarles fotitos es casi tan entretenido como bajar caratulas de discos para iTunes (bue... no tanto). Por lo menos es útil para reconocerlos en las conferencias!
Con los journals es igual: se pueden ver la cantidad de artículos que tenemos por cada Journal, se pueden ver los artículos más recientes, o filtrar por los que son Open access, etc. Increíblemente útil es abrir tabs con los artículos que nos interesan, lo que nos lleva alguna página web y, si el pdf está accesible en la página, Papers lo baja y lo agrega automágicamente a la librería. Eso es tan cool que se me llegan a helar los dedos.

Compartir un paper es muy fácil: Presionar el botón de "Enviar por Mail" y voila!, paper enviado (con un innecesario efecto especial de scanneo).

Si bien es un programa bastante reciente (menos de un año), ya ha tenido varias actualizaciones importantes (actualmente van en 1.6). Las mejoras, aparte de corregir bugs y mejorar estabilidad, han ido por el lado de agregar máquinas de búsqueda y, por lo tanto, disciplinas en las cuales éste programa es útil. De hecho, inicialmente Papers estaba muy amarrado a PubMed, es decir, medicina, biología, bioinformática, etc. Actualmente incluye soporte para: arXiv, NASA-ADS, Citeseer, Google Books/Scholar y Web of Science.

Al más puro estilo iTunes, uno puede crearse carpetas (colecciones) en las cuales organizar papers, así como crear carpetas dinámicas, como por ejemplo: "No leídos", "Aquellos de los cuales no tengo el PDF", "Flageados", etc.). Es posible incluso asignar estrellas a los papers, journals y autores, para luego ordenar por dicho ranking.

Los papers pueden ser leídos en el mismo programa (incluso hay una vista full screen a una o dos páginas de ancho), por lo que no es necesario tener mil ventanas de Preview abiertas. También se puede usar un visualizador externo, como el excelente skim. Es posible tomar notas de un paper (incluso en full screen), y el texto de las notas será incluido en la astuta máquina de búsqueda del programa.

Los meta-datos pueden ser importados y exportados en muchos formatos, por lo que escribir las referencias para un paper es tan fácil como: seleccionar los papers, exportar a BibText y luego importar desde el paper que estás escribiendo.

Cosas que se echan de menos es la posibilidad de configurar un repositorio de papers para un grupo de trabajo. En todo caso, los chicos de mekentosj dicen que están trabajando en eso.

Ahora, como muchos programas para Mac, el asunto no es gratuito. Hasta hace poco la licencia personal costaba $40 USD, con un 40% de descuento para estudiantes. Otras opciones recomendadas son el BibDesk (Open/Free, sólo Mac), o el JabRef que es Java y yo lo usaba en Linux (requiere el java de sun!). Sólo he oído hablar de EndNote que aunque usado por muchos científicos, su precio ($250 USD!) lo hace prohibitivo para nosotros, simples mortales.

No me queda más que comentarles que usar Papers ha sido muy cómodo y todo un placer. Pueden ver más en la página oficial y, si les interesa el programa, definitivamente deben ver alguno de los videos tutoriales y bajar el demo.