File management, como almacenar mejor tus innumerables archivos en el PC

Hace rato que vengo buscando una manera eficaz de poder almacenar grandes cantidades de archivos de distintos tipos y de distintas fechas.

En life hacker, hay varios tips para manejar lo de las versiones y lo del clutter dentro de tu disco duro, sin embargo poco se dice acerca de como mantener una estructura de directorios funcional para tratar de encontrar las cosas en los posible en tiempos de O(ln(n))
(pero creo que eso debe ser un poco dificil)

al que le interese puede ver este articulo dentro de lifehacker que ataca el tema del clutter en el desktop.

LifeHacker